百度公司于1999年底在美国硅谷成立，创始人李彦宏持有美国绿卡，Baidu的启动资金是美国的风险投资，美资在Baidu中占有51%以上的份额。

Baidu分为海外部分和在中国部分。海外部分一家在英属开曼群岛注册（Baidu.com.Inc），一家在英属维尔京群岛注册（Baidu Holdings Limited, 百度控股有限公司），这两家公司均为美资。随后Baidu在中国注册了两个子公司——Baidu Online Network Technology (Beijing) Co.Ltd. 百度在线网络技术公司，简称“百度在线”和Baidu Netcom Science and Technology Co.Ltd., 百度网络科技公司，简称“百度网络”，其中后者为中资公司。有分析人士说：前者是用来避税的，而注册后者这样的子公司是为了规避中国政府的关于外资不能进入新闻广告等领域的法规。

2005年6月，百度公司还在中国上海成立了第二个全资子公司——Baidu China Co.Ltd.（百度中国有限公司，一般简称“百度中国”）。

2006年年底，百度香港分公司成立。

2007年3月，百度从日本公司中夺回Baidu.co.jp域名，随即发布百度日文搜索引擎百度检索。正式进入日本市场。

2009年2月17日，百度从香港纵横公司隆柏兰手中得到Baidu.com.hk域名，从李小云手中低价收购Baidu.hk域名。准备进入香港市场。